Een afwijking in het kauwstelsel kan zijn aangeboren of verworven. De aangeboren afwijkingen zijn onder meer verhemeltespleten, afwijkingen van het tandglazuur of het ontbreken van tanden en kiezen.

De verworven afwijkingen in het kauwstelsel zijn onder meer oncologische aandoeningen (bijvoorbeeld mondkanker) en aandoeningen als gevolg van diverse traumata (verwondingen).