De medische term voor een kloofje bij de anus is fissura ani, kortweg een fissuur. Hoe een kloofje ontstaat, is niet helemaal duidelijk. Het komt waarschijnlijk door een combinatie van factoren. Door beschadiging van het slijmvlies van de anus, bijvoorbeeld door harde ontlasting, kan een kloofje ontstaan.

Door hoge spanning in de kringspier door pijn en een mindere doorbloeding van de kringspier kan het kloofje niet goed genezen. Omdat dit ook weer pijn doet, ontstaat een onbewuste reflex om de ontlasting op te houden. Deze dikt hierdoor in, waardoor het weer moeilijker wordt om de ontlasting kwijt te raken. Door harde, moeizame stoelgang scheurt het kloofje nog verder uit. Zo ontstaat een cirkel van steeds erger wordende klachten.