Methotrexaat is een geneesmiddel dat het immuunsysteem beïnvloedt. Het immuunsysteem is het systeem van het lichaam dat de mens beschermt tegen lichaamsvreemde stoffen en ziekten. Door het gebruik van Methotrexaat wordt de zogenoemde 'overactieve afweer' onderdrukt: het remt de activiteit van de chronische darmontsteking. Wanneer blijkt dat er goed op het middel wordt gereageerd, kan Methotrexaat vele jaren gebruikt worden.

Het effect van de MTX is niet direct merkbaar. Het kan 3 tot 8 weken duren voordat verbetering merkbaar is.