Op de hoofdpijnpolikliniek vinden de diagnostiek en behandeling plaats van alle primaire vormen van hoofdpijn. Hierbij is te denken aan migraine, clusterhoofdpijn, chronisch dagelijkse hoofdpijn of spierspanningshoofdpijn.

Ook vindt er diagnostiek naar secundaire hoofdpijnen (zoals sinusitis, arteriitis temporalis) plaats op de hoofdpijnpolikliniek, net als de diagnostiek en behandeling van aangezichtspijn zoals craniale neuropathien, trigeminus neuralgie en occipitalis neuralgie.