Het Juliana Kinderziekenhuis beschikt al tientallen jaren over een opleidingsbevoegdheid kindergeneeskunde. Van grote betekenis voor de aankomende arts zijn, naast het veelzijdige patiëntenaanbod en het dagelijks onderwijs aanbod, de open sfeer en het stimulerende, niet-bedreigende opleidingsklimaat, "wij zijn geen nummer maar mens". Binnen het JKZ worden de volgende opleidingen aangeboden  (in nauwe samenwerking met het  Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC)).